Trường PT DTNT Tỉnh Phú Yên tiền thân là trường Bổ túc văn hóa, trường Phổ thông lao động Bắc Phú Khánh. Mục tiêu của trường là góp phần chuẩn hóa đội ngũ cán bộ - nhiều cán bộ đã kinh qua công tác và chiến đấu, nhưng chưa có điều kiện học tập do yêu cầu của sự nghiệp cách mạng. Khoảng từ năm 1989-1991 sau ngày tái lập tỉnh Phú Yên, trường bắt đầu nhận các học sinh dân tộc thiểu số được học từ trường Bor túc công nông Nam Phú Khánh (Nha Trang) chuyển về. Đây là giai đoạn có nhiều học sinh của trường sau đó trở thành những cán bộ chủ chốt, ở vị trí lãnh đạo hoặc giữ các vị trí quan trọng trong bộ máy của Đảng và Nhà nước của tỉnh nhà. Để lại dấu ấn tốt đẹp đối với các thế hệ học sinh trong khoảng thời gian này là hình ảnh cần mẫn, mẫu mực của nhà giáo ưu tú Nguyễn Chu (Nam Đà) ở giai đoạn đầu, là hình ảnh của thầy Nguyễn Văn Tá –Hiệu trưởng nhiệt tình tâm huyết với nghề, hết lòng thương yêu học sinh ở giai đoạn sau.

Từ năm 1991, Đảng và Nhà nước ta chủ trương phải đặc biệt quan tâm việc phát triển kinh tế xã hội ở các vùng miền có điều kiện kinh tế khó khăn; nâng cao đời sống vật chất và tinh thần của đồng bào dân tộc thiểu số. Theo đó, trường Phổ thông Dân tộc nội trú Tỉnh được thành lập theo quyết định số: 625/QĐ-UB ngày 29/8/1991, với mục đích là tạo nguồn cho các trường đại học và chuyên nghiệp để đào tạo cán bộ cho đồng bào các dân tộc thiểu số. Trước hết là giáo viên, cán bộ y tế, cán bộ lãnh đạo, quản lý, cán bộ chuyên môn khoa học kỹ thuật. Đồng thời việc mở Phổ thông Dân tộc nội trú Tỉnh còn nhằm đào tạo lực lượng lao động có trình độ văn hóa, kỹ thuật, có sức khỏe và phẩm chất tốt để tham gia vào công cuộc xây dựng quê hương miền núi.

 Cảnh sân Trường trong giờ ra chơi.